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软件资源

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依托完善的生态与良好的兼容性,国家超级计算郑州中心面向众多不同领域与行业应用需求,提供高性能计算、人工智能、大数据、行业应用等软件资源服务。其中应用开发基础环境由编程模型、编译系统、并行开发运行环境组成,支持MPI-1/MPI-2/MPI-3标准,支持OpenMP,兼容OpenCL和CUDA环境,编译器支持标准的C/C++、Fortran等语言,为用户的开发和调试提供极大的便利。行业应用软件主要面向各个行业应用领域提供软件服务功能。


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行业应用软件

序号

应用领域

应用软件(DCU)

应用软件(CPU)

1

计算化学、材料、物理、分子动力学等领域

Gromacs-DCU

Lammps-DCU

Nwchem-DCU

Hoomd-DCU

MISA-MD-DCU

NAMD-DCU

ABINIT、Amber、BigDFT 、

CalculiX、Code_Aster、CP2K、

GAMESS-US、Gromacs、Lammps、

MiniFE、MISA-AKMC、MISA-MD、

MISA-SCD、NAMD、NWChem、

Openmx、Openbabel、Phono3py、

Phonopy、QMCPACK、SIESTA、

Quantum Espresso、Vtst


2

计算生物学、精准医疗领域


AutoDock-DCU

Barracuda-DCU

OpenMM-DCU

Relion-DCU


Amber、AlloType、BCFtools、

Bedtools、BLAST+、BWA、

Canu、Ccpem、cisTEM、

Coot、Ctftilt、Ctffind、FastQC、

GATK、Medical-school、Picard、

ResMap、Samtools、Situs、

Summovie、Trimmomatic

3

气象、海洋、天文、环境模拟领域

/

ENVI、Gsac、GrADS、SAC、WRF

4

流体力学、结构分析领域

/

 Elmer、FDS、OpenFOAM

5 人工智能等领域


DeepLearnring

Mxnet

PaddlePaddle

Pytorch

TensorFlow


/

提示:上述软件列表为先进计算平台部分已安装的软件,用户可通过设置环境变量直接使用。用户如有软件的移植、安装、兼容性测试需求,可联系相关工作人员。


基础软件

序号

分类

基础软件

1

工具类

Anaconda、ANTLR、CDO、

Automake、cURL、DUNE、

FlameGraph、HDF4、HDF5、

Hwloc、IPM、OpenGrADS、

MONO、NCO、Ncview、

Octave、Octopus、JDK、

ParaView、Python、Qt、R、

ScaLAPACK、Singularity、SU2、

Spider、wxWidgets

2

函数库

Boost、Eigen、FFTW、

GDAL、GRIB2、GRIB_API、

GSL、HTSlib、I/O API、

LAPACK、LibPNG、LIBXC、

MIOpen、NetCDF、OpenBLAS、

OpenCV、PnetCDF、PROJ、

SQLite、UDUNITS、Zlib

3

图像工具

EMAN、Frealigm、Gnuplot、

Grace、ImageMagick、IMOD、

JasPer、NCL_NCARG、Ploticus、

OpenJPEG、Protomo、Unblur


编译并行环境

序号

分类

编译环境

备注

1

编译器

gcc/g++

gfortran

gcc/g++:7.3.1

gfortran:7.3.1

2

DCU异构编程环境

HIP编译器hipcc

hcc编译器hcc

opencl编译器hcc

HIP编译器hipcc:2.8.19361

hcc编译器hcc:2.8.19361

opencl编译器hcc:2.8.19361

3

并行编程环境

hpcx-2.4.1、hpcx-2.6.0、

hpcx-2.7.4

MPI:hpcx-2.4.1、hpcx-2.6.0、hpcx-2.7.4


用户须知:

1.上述软件列表为先进计算平台部分已安装的软件,用户可通过设置环境变量直接使用;

2.如果用户已经购买或通过其它方式获取了相关软件的许可,需要在“嵩山”超级计算机上使用这些软件,请用户安装在本人工作目录下,仅限用户本人使用并对其合法性负责;

3.用户如有软件的移植、安装、兼容性测试需求,可联系相关工作人员。