协作机制各成员单位地位平等，利益冲突和分歧难以协调。有关工作任务和安排都是通过“一事一议”的会商形式进行，难以达成协议并实施。小组办公室也不是实体机构，且由于其级别较低难以有效协调各省市区联合开展工作。

区域大气污染防治政策体系有待完善。由于区域内的地区差异，地方政府诉求不同，难以实现环境目标的协调一致和环境政策的有效衔接。

区域转型发展、综合治理大气污染的措施难以落实。缺少强有力的区域执行机构，难以做到区域协同、统筹布局、综合施策，无法有效推进区域转型发展和环境质量改善。

长效机制尚未建立。应对型和“运动式”的政策协调难以持续，待保障措施结束后，空气质量仍会反弹，公众的日常生活也会受到影响。